L'écurie Petronas Team TOM's a repris les choses en main avec Kazuki Nakajima qui signe le meilleur chrono, en cette matinée pluvieuse. À peine sorti des ateliers certaines monoplaces n'ont pas pu faire beaucoup de tours samedi, en fin d'après-midi. Kazuki Nakajima champion 2012 s'impose au terme de cette seconde séance d'une heure devant les pilotes Kygnus Sunoco Hirakawa et Duval. Mal mené hier, Kygnus Sunoco a sorti la tête de l'eau contrairement à hier, victime de problème mécanique sur ses deux voitures.
Confirmation du retour aux avant-postes de Koudai Tsukakoshi (HP Real) – Le meilleur performer d'hier James Rossiter (Kondo Racing) se classe 5ème.
Narrain Karthikeyan (Team Impul) a été le plus actif, avec 23 tours au compteur. Signalons également la très belle 8ème place du débutant Tomonori Norijiri qui devance son chef de file chez Docomo Dandelion Hideki Mutoh 10ème.
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08 h 20 à 09 h 40 (Heure locale)
Temps : Nuageux – Piste : Humide
| 1 | 37 | Kazuki Nakajima | PETRONAS TEAM TOM'S | 1'51.363 | 187.72km/h |
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| 2 | 7 | Ryo Hirakawa | KYGNUS SUNOCO Team LeMans | 1'51.677 | +0.314 |
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| 3 | 8 | Loïc Duval | KYGNUS SUNOCO Team LeMans | 1'52.094 | 0.731 |
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| 4 | 10 | Koudai Tsukakoshi | HP REAL RACING | 1'52.348 | 0.985 |
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| 5 | 3 | James Rossiter | KONDO RACING | 1'52.349 | 0.986 |
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| 6 | 19 | JP.De Oliveira | TEAM IMPUL | 1'52.536 | 1.173 |
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| 7 | 32 | Takashi Kogure | NAKAJIMA RACING | 1'52.681 | 1.318 |
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| 8 | 40 | Nojiri Tomonori | DOCOMO TEAM DANDELION RACING | 1'52.773 | 1.410 |
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| 9 | 31 | Daisuke Nakajima | NAKAJIMA RACING | 1'53.205 | 1.842 |
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| 10 | 41 | Hideki Mutoh | DOCOMO TEAM DANDELION RACING | 1'53.266 | 1.903 |
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| 11 | 38 | Hiroaki Ishiura | P.MU/CERUMO・INGING | 1'53.341 | 1.978 |
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| 12 | 20 | Narrain Karthikeyan | TEAM IMPUL | 1'53.371 | 2.008 |
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| 13 | 36 | André Lotterer | PETRONAS TEAM TOM'S | 1'53.596 | 2.233 |
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| 14 | 11 | Vitantonio Liuzzi | HP REAL RACING | 1'54.126 | 2.763 |
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| 15 | 1 | Naoki Yamamoto | TEAM 無限 | 1'54.316 | 2.953 |
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| 16 | 39 | Yuji Kunimoto | P.MU/CERUMO・INGING | 1'54.467 | 3.104 |
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| 17 | 2 | Yuki Nakayama | TEAM 無限 | 1'54.473 | 3.110 |
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| 18 | 62 | Koki Saga | TOCHIGI Le Beausset Motorsports | 1'56.853 | 5.490 |
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| 19 | 18 | Yuichi Nakayama | KCMG | 2'00.764 | 9.401 |
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